非晶合金变压器的安全运行和使用寿命，很大程度上取决于非晶合金变压器绕组绝缘的安全可靠。绕组温度超过绝缘耐受温度使绝缘破坏，是导致非晶合金变压器不能正常工作的主要原因之一，因此对非晶合金变压器的运行温度的监测及其报警控制是十分重要的。
防护方式
根据使用环境特征及防护要求，非晶合金变压器可选择不同的外壳。通常选用IP23防护外壳，可防止直径大于12mm的固体异物及鼠、蛇、猫、雀等小动物进入，造成短路停电等恶性故障，为带电部分提供安全屏障。若须将非晶合金变压器安装在户外，则可选用IP23防护外壳，除上述IP20防护功能外，更可防止与垂直线成60°角以内的水滴入。但IP23外壳会使非晶合金变压器冷却能力下降，选用时要注意其运行容量的降低。
冷却方式
非晶合金变压器冷却方式分为自然空气冷却(AN)和强迫空气冷却(AF)。自然空冷时，非晶合金变压器可在额定容量下长期连续运行。强迫风冷时，非晶合金变压器输出容量可提高50%。适用于断续过负荷运行，或应急事故过负荷运行新能源电动汽车;由于过负荷时负载损耗和阻抗电压增幅较大，处于非经济运行状态，故不应使其处于长时间连续过负荷运行。
